Sekuen 16S rRNA merupakan salah satu metode yang telah banyak digunakan untuk mengidentifikasi organisme pada level molekuler, termasuk fitoplankton. Penelitian bertujuan untuk mencari metode yang tepat dan melakukan identifikasi beberapa jenis Chaetoceros spp yang selama ini digunakan berdasarkan Sekuen 16-S RNA. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi BPPBAP Maros. Bahan-bahan yang digunakan meliputi beberapa jenis Chaetoceros koleksi di laboratorium kultur BPPBAP. Kegiatan dilakukan dengan tahapan utama, yaitu ekstraksi DNA yang dilakukan dengan metode fenol kloroform; amplifikasi DNA dengan PCR; dan analisa sekuen DNA hasil PCR. Amplifikasi DNA dilakukan dengan teknik PCR menggunakan primer spesifik yang telah dirancang dengan target gen penyandi 16S- rRNA sedangkan keberhasilan amplifikasi PCR dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa. Hasil yang diperoleh selanjutnya dianalis menggunakan program Genetyx versi 7. Homologi hasil analisis blast N untuk susunan basa nukleotida sampel Chaetoceros spp hasil penelitian dengan Chaetoceros yang tersedia di Bank Gen. Berdasarkan hasil tersebut mengindikasikan bahwa sebagian besar materi genetik Chaetoceros hasil penelitian mengandung materi genetik yang sama dengan Chaetoceros yang ada di bank gen. Namun demikian, spesifik nama jenis Chaetoceros sampel uji belum keseluruhan telah tercatat dan terdeposit di dalam Bank Gen kecuali C. calcitrans. Hasil ini pula menunjukkan bahwa preservasi larutan TNES-Urea dan metode Phenol-Chloroform merupakan metode yang efektif digunakan untuk isolasi DNA genom Chaetoceros.
Peneliti: Herlinah dan Andi Parenrengi
