Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Payau dibentuk pada tahun 1969 berdasarkan SK Mentan No. 536/Kpts/UM/12/1969 dengan nama Tjabang Lembaga Penelitian Perikanan Darat (Tjabang LPPD) di Makassar. Balai ini telah mengalami beberapa kali perubahan dan penyempurnaan organisasi yaitu pada tahun 1990 dengan SK Mentan No.861/Kpts/12/1980 berubah menjadi Sub Balai Penelitian Perikanan Darat (Sub BPPD) Maros yang berada di bawah Balai Penelitian Perikanan Darat di Bogor. Kemudian pada tahun 1984 berubah menjadi Balai Penelitian Budidaya Patani (BALITDITA) berdasarkan SK Mentan No. 613/Kpts/OT.210/8/1984 yang berlokasi di Maros, Sulawesi Selatan.
