Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Payau (yang merupakan perubahan dari Balai Riset Perikanan Budidaya Air Payau berdasarkan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor 32 tahun 2011 berlaku efektif September 2011) merupakan balai yang mempunyai tugas melaksanakan penelitian dan pengembangan perikanan budidaya air payau dengan 5 (lima) program kegiatan yaitu: layanan perkantoran, dokumen dukungan manajemen dan pelaksanaan tugas teknis litbang iptek perikanan budidaya, sarana dan prasarana litbang, iptek perikanan budidaya serta layanan iptek. Untuk tahun 2011 anggaran DIPA untuk kelima program tersebut sebesar Rp 36.106.347.000,-
