Dalam manajemen air, sebaiknya hanya mengganti air tambak bila diperlukan saja, artinya lakukan sesedikit mungkin, karena makin banyak dilakukan penggantian air memungkinkan terjadinya udang stress. Perubahan warna air tambak sebaiknya diamati setiap saat. Warna air yang berubah-ubah setiap saat, misal pagi kuning, siang hijau, dan sore menjadi biru, merupakan indikator bahwa air tambak tersebut memiliki alkalinitas total yang rendah (di bawah 80 mg CaCO3 equivalen/L) (Atmomarsono, 2004). Akibatnya dapat terjadi goncangan pH air harian yang melebihi 0,5 (misal 7,5 hingga 9,5). Apabila hal ini terjadi, maka udang akan mudah mengalami stress. Oleh karena itu harus dilakukan aplikasi kapur dolomit di tambak tersebut. Warna air yang dianggap bagus untuk budidaya udang windu adalah hijau kecoklatan. Secara umum kapur dolomit dapat diaplikasikan secara rutin 3-5 ppm per minggu untuk mencegah terjadinya goncangan pH pada musim penghujan. Hal ini sangat diperlukan terutama di areal pertambakan yang masih agak masam (tanah TSM).
